Fin dall'inizio della sua istituzione la Biblioteca di Ercolano si è arricchita di fondi e raccolte che le sono stati donati. Qui di seguito sono individuati in ordine cronologico.
Fondo Buonajuto Giovanni: comprende i libri, prevalentemente di carattere agrario e giuridico, della Biblioteca personale donati dalla moglie e dal figlio nel 1958.
Fondo Pappone Maria: composto di circa 600 libri prevalentemente di letteratura straniera donati nel 1987.
Fondo Catalano Virgilio: si tratta dell'intera biblioteca personale, prevalentemente di carattere archeologico, del primo Direttore della Biblioteca Virgilio Catalano donata dalla vedova nel 1997.
Fondo Esposito Giovanni: rappresentato dalla biblioteca personale del Prof. Giovanni Esposito, docente di italiano, latino e greco nei Licei e donata dal figlio.